По словам биографа Потемкина А.Н.Самойлова, князь «предлагал устроить [на Карантинном острове] таможню, карантинный дом и пакгаузы, вырыть каналы и произвесть на нем то, что император Петр Великий произвел на зыбком грунте в Петербурге». Карантинные службы, таможенный пост и часть системы каналов по этому проекту успели устроить. Все, прибывающие в город морским путем, проходили здесь месячный карантин. Комендантом карантина и таможенного поста в 80-х годах XVIII века был грек, лейтенант кавалерии Георгий Бау.
После русско-турецкой войны 1787-1791 годов, когда граница России отодвинулась на запад, таможня и карантин были перенесены из Херсона в Очаков. Однако жизнь на острове не прекращалась. В 1806 году на Карантинном острове открылась купеческая верфь торгового судостроения, в 1822 году устроена первая мойка овечьей шерсти, а в конце XIX века здесь появляются лесопильные заводы и склады. С 1912 года А.Е.Вадон начал на острове строительство судостроительной верфи. К 1905 году жителей острова насчитывалось 182 семьи, а в 1911 году здесь уже существовало Карантинно-островское городское начальное народное училище.
Название острова - Карантинный - сохранилось до наших дней.